Das Bibliographische Institut wurde als Verlagsbuchhandlung im Jahr 1826 von dem Literaten und Kaufmann Joseph Meyer in Gotha gegründet. Zwei Jahre später zog der Betrieb nach Hildburghausen, 1874 schließlich in einen modernen Neubau nach Leipzig um. Berühmtheit erlangte das Bibliographische Institut insbesondere durch die ab 1839 erscheinenden zahlreichen Auflagen von Meyers Konversations-Lexikon, das durch seine wissenschaftlich aufbereiteten Artikel und seinen Anspruch allgemeiner Wissensvermittlung im 19. Jahrhundert zum wegweisenden Klassiker der deutschen Lexikon-Produktion aufstieg. Nach und nach erschienen auch andere populäre Reihenwerke wie Meyers Reisebücher (ab 1862) oder Brehms Tierleben (ab 1863). 1880 veröffentlichte der Gymnasiallehrer Konrad Duden im Bibliographischen Institut auch die erste Auflage des nach ihm benannten und bis heute maßgeblichen Rechtschreib-Wörterbuches der deutschen Sprache.

1915 wurde der Verlag in eine Aktiengesellschaft umgewandelt. Drei Jahrzehnte später, am Ende des Zweiten Weltkriegs, lag das Verlagsgebäude zerbombt in Trümmern. Nach der staatlichen Enteignung in der sowjetischen Besatzungszone und der Umwandlung in einen sogenannten „Volkseigenen Betrieb“ initiierten die bisherigen Eigentümer 1953 eine Verlagsneugründung in Mannheim. Bis zur deutschen Wiedervereinigung existieren somit zwei getrennte Bibliographische Institute in Ost und West. Erst 1991 wurden sie wieder zusammengeführt. Im Frühjahr 2013 siedelte der inzwischen von der Cornelsen-Gruppe aufgekaufte und in seinem Sortiment erheblich gestraffte Verlag nach Berlin um. Die Produktion umfangreicher Lexika wurde aufgrund der zunehmenden Konkurrenz durch gemeinfreie Online-Enzyklopädien wie Wikipedia weitgehend eingestellt.